Filmhögskolan tillhör Konstnärliga fakulteten vid Göteborgs universitet som är nordens största konstnärliga fakultet. Fakulteten har en internationellt sett unik bredd av utbildningar och verksamheter inkluderande konstnärligt utvecklingsarbete och konstnärlig forskning. Inom fakulteten finns åtta institutioner/enheter.
Fakulteten leds av den Konstnärliga fakultetsnämnden, vars ordförande är Anna Lindal.
Filmhögskolan leds av prefekt Gunilla Burstedt. Till sitt stöd i den strategiska ledningen har hon tillsatt ett institutionsråd som består av ledamöter som valts bland personal och studenter.
I institutionsrådet behandlas strategiska frågor, policy, övergripande budgetfrågor och vissa personalfrågor.
Studentkåren organiserar studenternas medverkan i Filmhögskolans arbete.